第二代试管婴儿技术，重点是放在精卵结合技术上面，解决的主要是男性的少精、弱精、畸形精子症，无精症等导致的不孕夫妇。而第三代试管婴儿技术，重点是在移植前的胚胎筛查上，并且能够进行基因的最优选择，这对于胚胎的着床和发育很有帮助，在很大程度上还能预防遗传病，最重要的是可以选择性别。 　　相较于第三代试管，第二代试管移植的胚胎是没有经过筛查的，所以移植后不知道性别也不知道质量，因此怀上后流产以及胎停的现象也时有发生。其实第二代试管也有自己的优势，那就是配出来的胚胎基本都可以移植，比如配出来的胚胎有十个，那这十个胚胎都可以移植，而第三代试管不同，配出来十个胚胎，再经过筛选留下来的胚胎可能就只剩下三四个，而这三四个胚胎则是最为优质的。
　　第三代试管婴儿也称胚胎植入前遗传学诊断（PGD），指在IVF-ET的胚胎移植前，取胚胎的遗传物质进行分析，诊断是否有异常，筛选健康胚胎移植，防止遗传病传递的方法。
　　是不是三代就一定比二代试管好？ 　　很多人认为试管婴儿技术就像手机更新换代一样，但其实并不能因为第三代试管婴儿技术能够进行基因筛查就盲目选择第三代试管婴儿技术。每一代试管婴儿都有各自的适应人群，不能用传统的标准来比较。每一代的费用也因人而异。国内大部分医院生殖中心，做一次第二代试管费用三到八万元不等，做第三代试管费用八到十五万不等，而且能做的医院比较好，就算找好了医院排队的话也需要半年到一年半不等。