医院坐落于市中心，占地面积2.02万平方米，总建筑面积10.57万平方米，建筑面积7.5万平方米的妇幼保健中心大楼已于2011年1月投入使用。医院编制床位1000张，现有职工总数1783人，其中高级职称371人，博士81人，硕士425人，博导8人，硕导71人。医院学科体系完善，其中腔镜科为卫生部四级妇科内镜手术培训基地，中医科为全国综合医院中医药工作示范单位，产科、产前诊断研究室、新生儿科、妇科、麻醉科、中医科为省级临床重点专科，儿童保健科、妇女保健科、乳腺科、检验科、超声诊断科为市级临床重点专科，妇女保健科、儿童保健科、生殖医学、计划生育、乳腺病学为第二周期省妇幼保健重点学科。
　　南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心、南京市妇幼保健计划生育服务中心均设于院内。
　　资历这么老的妇幼保健院，南京妇幼保健院能做三代试管婴儿吗？ 　　南京市妇幼保健院生殖医学中心自2015年5月通过江苏省卫生厅种植前遗传学诊断评审。截止2017年PGD/PGS合计开展80例，57例有合适胚胎可以移植，目前已经移植27例，妊娠17例，临床妊娠率63%，其中已顺利分娩2例健康宝宝。